das geht normalerweise ohne Probleme, gerade, da der CG File Explorer ja immer auch anzeigt, in welchem Format die neuen DDS Files sein müssen...
du musst nur bei den Mips aufpassen, denn der Eintrag dort ist nicht immer korrekt...
in der Regel werden nahezu alle Grafiken als normale DDS eingefügt, meist DX5, also mit alpha, aber ohne Mips...

es gibt nur die Ausnahme mit dem Splashscreen, und den Boot Files (PressStart und Sprachauswahl), denn dort ist es zwingend erforderlich eine Mip manuel hinzuzufügen...