Die Wurzeln von Girondins Bordeaux reichen zurück bis in das Jahr 1881, als der Club als Schützenverein am Gironde genannten Mündungstrichter des Flusses Garonne gegründet wurde. Daher auch der Vereinsnamen.

Der Fußball trat jedoch erst im Jahr 1919 in den Fokus der Vereinsverantwortlichen. Auch wenn Bordeaux bis in die 50er-Jahre hinein einige vereinzelte Erfolge feiern konnte, so mussten sich die Fans bis 1984 gedulden, bis das Team mit der ersten Meisterschaft nach 1950 den Grundstein für die mit drei Meistertiteln und zwei Pokalsiegen erfolgreichsten Jahre der Vereinsgeschichte legte. Auf der großen europäischen Bühne sorgte der Verein nur selten für größeres Aufsehen. Der Gewinn des UEFA Intertoto Cups 1995 und die Teilnahme am Finale des UEFA-Pokals 1996 sind international die größten Erfolge der Girondins.

Nach den Erfolgen der 80er Jahre konnte die französische Meisterschaft zuletzt 2009 nach Bordeaux geholt werden. In der Saison 2012/13 feierte Girondins Bordeaux mit dem Gewinn des Coupe de France den letzten großen Erfolg.

Diese Saison verläuft bisher äußerst enttäuscht für die Mannschaft aus Südwestfrankreich. In der Tabelle steht man mit 24 Punkten auf dem 15. Tabellenplatz, somit nur einen Punkt Vorsprung auf den Relegationsplatz. Mit nur 18 geschossenen Toren und 28 Gegentoren steht man bisher deutlich unter den Erwartungen. Der Trainer Gourvennec steht kurz vor der Entlassung und auch die Stars der Mannschaft, Malcom, Menez, Rolan und Toulalan stehen vor einem möglichen Wechsel im Sommer.